Di True Cross Academy, Rin Okumura tanpa sadar menemukan tanda-tanda pertama bahwa ada sesuatu yang tidak beres; orang-orang biasa telah mendapatkan kemampuan untuk melihat makhluk tak terlihat yang berkeliaran di dunia manusia, Assiah. Sementara Rin melihat ini sebagai kesempatan untuk mendapatkan teman baru, saudara kembarnya, Yukio, justru merasa terbebani. Dibanjiri dengan pendidikan, tugas pengusir setan, dan posisi mengajarnya, Yukio tetap diam tentang kekuatannya yang terbangun, tidak dapat memahami skala atau signifikansinya.
Sementara Rin dan teman-temannya bersiap untuk Ujian Sertifikasi Pengusir Setan tahunan, Ordo Salib Sejati telah menemukan gerbang buatan pertama menuju alam iblis Gehenna. Menyaksikan ukurannya dan teknologi canggih yang memungkinkannya, para pengusir setan menyadari bahwa mereka sekarang berurusan dengan Illuminati, organisasi yang sangat kaya dan kuat. Selain itu, Illuminati yang tidak dapat dipahami telah menanam tiga mata-mata di Ordo Salib Sejati; dan salah satunya mungkin bersembunyi di antara para pengusir setan yang bersumpah untuk melindungi umat manusia dari ancaman iblis.
