Dalam waktu dekat, kenaikan air laut yang tiba-tiba dan tidak dapat dijelaskan telah membuat sebagian besar peradaban manusia berada di bawah air. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan rasa kecewa dari kehidupan yang keras di kota besar dan menemukan rumah pedesaannya yang sudah ditelan laut. Karena tidak memiliki keluarga, yang ia miliki hanyalah kapal dan kapal selam peninggalan neneknya yang seorang ahli kelautan, serta hutang-hutangnya. Satu-satunya harapannya untuk mengembalikan impian masa depan yang telah hilang adalah dengan mengambil kesempatan yang diberikan oleh penagih utang yang mencurigakan, Catherine. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam untuk menemukan harta karun yang menurut rumor ditinggalkan di sana. Namun, yang mereka temukan bukanlah harta atau perhiasan, melainkan seorang gadis aneh yang tertidur di dalam peti mati di dasar laut. Atri. Atri adalah sebuah robot, tapi penampilan dan emosinya yang kaya akan emosi akan menipu siapa pun yang mengira dia adalah manusia yang hidup dan bernapas. Sebagai rasa syukur karena telah diselamatkan, dia membuat pernyataan kepada Natsuki: "Saya ingin memenuhi perintah terakhir tuan saya. Sampai aku melakukannya, aku akan menjadi kakimu!" Di sebuah kota kecil yang perlahan-lahan diselimuti oleh lautan, musim panas yang tak terlupakan akan segera dimulai untuk anak laki-laki dan gadis robot misterius ini...
