Tinggal di daerah kumuh sebuah kota kaya, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, berusaha hidup berdampingan dengan para penduduk kota lainnya. Namun, Rudo sangat membenci sifat boros kaum kelas atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo rutin mengorek-ngorek sampah kota demi mencari barang yang masih bisa dimanfaatkan atau diselamatkan dari "Abyss"—lubang raksasa tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo adalah salah satu dari mereka yang pernah dilempar ke dalam Abyss setelah dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, setelah bertemu dengan sosok misterius di perjalanan pulang, Rudo menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai rumah. Tak lama kemudian, pihak berwenang datang dan menangkap Rudo di tempat kejadian. Ia dituduh sebagai pembunuh dan, meskipun ia bersikeras tidak bersalah, tidak ada yang mempercayainya. Rudo pun dijatuhi hukuman dan dilempar ke dalam Abyss.
Namun, alih-alih mati, Rudo justru terbangun di tempat asing yang bau dan penuh dengan monster yang terbuat dari sampah.
Saat Rudo diserang oleh para monster tersebut, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang memperkenalkan dirinya sebagai seorang "Cleaner"—pejuang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk itu. Demi membalas dendam atas kematian Regto, Rudo dengan berat hati menjadi seorang Cleaner dan mulai bertarung demi bertahan hidup dan kembali ke permukaan dari Abyss.
